Första våningen
Sjösidans Wrangelvåning var tänkt för representation. Wrangelvåningens centralrum är matsalen i mitten av huset, mellan grevens och grevinnans rumssviter. Det är slottets mest påkostade rum. Från och med 1700-talet fylldes väggarna med porträtt av kungliga regenter och rummet började då kallas för Kungssalen. Rummets funktion var dels som matsal, dels som mottagningsrum. Alla officiella besökare till huset kom via trapporna och korridorerna till detta rum.
Här finns mönstrat kalkstensgolv, skimrande gyllenläder på väggarna och ett vackert dekorerat tak. Taket i Kungssalen är inte bara det mest dekorerade utan också det enda av slottets sjutton stucktak som är färglagt. De många figurerna i taket ska bland annat föreställa de fyra världsdelarna Asien, Amerika, Afrika och Europa.
De två rumssviterna vid sidan om Kungssalen är spegelvända och har ett förmak, en sängkammare, ett kabinett och ett sidorum var. Den nordöstra sviten var Carl Gustaf Wrangels och den sydvästra tillhörde hans hustru Anna Margareta von Haugwitz.
Under 1600-talet var sängkammaren en del av representationsvåningen samtidigt som den var personlig. Endast en högt uppsatt eller uppskattad besökare blev inbjuden till sängkammaren. Den exklusiva inredningen skulle också visa rummets status. Sängen var förmodligen den viktigaste möbeln. Genom sin storlek och sina dyrbara material dominerade den rummet. Hela miljön var uppbyggd för att presentera slottets ägare och visa deras status.
Brahevåningen
På slottets parksida ligger den rad rum som idag kallas Brahevåningen, eftersom den mest användes av släkten Brahe efter Carl Gustaf Wrangels död 1676. Brahevåningens möblering är präglad av såväl 1700- som 1800-talens stilideal. Porträtten visar främst personer med koppling till familjen Brahe.
Ursprungligen var denna rumssvit tänkt att vara slottets förnämsta gästrumssvit. Wrangels position i samhället gjorde att han kunde räkna med besök av kungligheter eller högt uppsatta militärer och statsmän.
Första gången gästrumssviten ställdes i ordning för ett sådant besök var 1672, då kung Karl XI och hans mor Hedvig Eleonora kom till Skokloster. Det verkar inte som att gästrumssviten användes för att ta emot gäster i någon större utsträckning efter det.
Familjen Brahe använde slottet som sin bostad främst under sommarmånaderna och hade då i första hand dessa rum som sin privata bostadsvåning. Wrangelvåningen bevarades nämligen som ett minnesmärke över Carl Gustaf Wrangel redan under slottets tidiga historia.
Brahevåningen saknar den perfekta symmetri som resten av huset har. Rumssvitens utgångspunkt är den så kallade Brahematsalen, ungefär i mitten av husets längd. Rummet var ett mottagningsrum och matsal, precis som Kungssalen i Wrangelvåningen. Invid matsalen ligger den förnämsta gästsängkammaren, Alkoven, med ett upphöjt podium för paradsängen. Efter sängkammaren ligger ett förmak och ytterligare två mindre rum samt ett tornrum.
De två mindre rummen var ursprungligen ett större. Wrangels dotter och svåger som tog över slottet 1676 lät omvandla rumsindelningen för att passa sina behov. I ett av rummen lät de till exempel bygga en liten bönekammare för enskilda andakter.